Tribunal Supremo: Los informes para la deducción por innovación tecnológica emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación competente vinculan a la Administración Tributaria

El artículo 35.4.a) del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades -TRLIS- (aplicable hasta 2014) establecía que, a los efectos de la deducción por I+D+i, los sujetos pasivos podían aportar un informe motivado del Ministerio de Ciencia y Tecnología relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos para calificar las actividades de investigación, desarrollo o innovación tecnológica (I+D+i). La ley actual contiene una previsión similar, referida al Ministerio competente por razón de la materia.

En los últimos años, la Administración Tributaria ha venido negando la aplicación de la deducción por innovación tecnológica a proyectos de software, sobre la base de informes preparados por su equipo interno de apoyo informático, incluso en casos en los que el contribuyente contaba con el referido informe vinculante del Ministerio. En estos informes internos no se negaba, en general, que la actividad se pudiera calificar de innovación tecnológica, pero se concluía que los gastos no podían formar parte de la base de la deducción, al no encajar en la definición de “base de la deducción” del mismo artículo 35.

El Tribunal Supremo, en una reciente sentencia de 9 de octubre de 2024 referida a un período en que era aplicable el TRLIS (en un procedimiento cuya dirección letrada ha correspondido a Garrigues), concluye del siguiente modo:

• El informe a que se refiere el artículo 35.4 del TRLIS vincula a la Administración tributaria en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante del concepto (de I+D o de innovación tecnológica), sino también en las inversiones y gastos que, presentados ante el órgano al que se consulta, hayan sido objeto de evaluación positiva. Este tipo de informe no puede ser, por tanto, ni rebatido ni ignorado por los órganos de la Administración Tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta. 
• Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho, o los requisitos para gozar de un derecho, vinculante por ministerio de la Ley para la Administración emisora, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración, salvo en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica. 
• Además, el informe del equipo de apoyo informático no procede de un órgano independiente de la Administración, ni está a cargo de funcionarios que posean un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones.  No consta, entre otras, que dicho equipo posea conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en suma, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un ministerio competente en materia de ciencia al que la ley le atribuye carácter vinculante para la Administración.

El tribunal concluye, sobre la base de los anteriores razonamientos, que la actuación de la Agencia Tributaria en el caso analizado es contraria a los principios de seguridad jurídica y confianza legítima, al desnaturalizar los fines perseguidos por el legislador con la deducción, como son incentivar las actividades de I+D+i y la inversión en proyectos que supongan la actualización de las empresas y su mayor competitividad.